Sowohl die mittelalterlichen Musikhandschriften als auch die handschriftlichen Musikalien des 18. Jahrhunderts sind im Zuge der Säkularisationen von Kirchengut im späten 18. und frühen 19. Jahrhunderts in den Besitz der Universitätsbibliothek übergegangen. Die Musikhandschriften des 18. Jahrhunderts aus oberrheinischen Klöstern liegen inzwischen digitalisiert vor.
